高效液相色譜-質(zhì)譜儀已經(jīng)在藥物、化工、臨床醫(yī)學、分子生物學等許多領(lǐng)域中獲得廣泛的應(yīng)用：

1.醫(yī)藥學:藥物代謝、藥物動力學、雜質(zhì)分析、天然產(chǎn)物分析生物化學:肽、蛋白質(zhì)、寡核苷酸、糖

2.環(huán)境化學:農(nóng)藥和農(nóng)殘分析、有機污染物、土壤/食品/水分析

3.臨床醫(yī)學:新生兒檢查、糖化血紅蛋白(糖尿病)、血紅蛋白變異、膽酸

4.食品科學:香料、添加物、包裝物、蛋白質(zhì)、致癌物

5.法醫(yī)學:濫用藥物、爆炸物、興*劑檢測

6.獸醫(yī)學:興*劑、磺胺類藥物、抗體

7.合成化學:有機金屬化合物、有機合成物

8.有機化學:表面活性劑、染料

藥物代謝與藥物動力學研究

LC-MS-MS的使用，電噴霧(ESI) 和大氣壓化學電離(APCI)以及大氣壓光電離(APPI)是其主要的離子源，由于具有高靈敏度(ng/mI~pg/ml) ，高選擇性(檢測特定的碎片離子)、高效率(每天可檢測幾百個生物樣品和對藥物結(jié)構(gòu)的廣泛適用性，對液態(tài)樣品和混合樣品的分離能力高，可通過二級離子碎片尋找原型藥物并推導其結(jié)構(gòu)，LC-ESI-MS-MS已廣泛地應(yīng)用于藥物代謝研究中一期生物轉(zhuǎn)化反應(yīng)和二期結(jié)合反應(yīng)產(chǎn)物的鑒定、復雜生物樣品的自動化分析以及代謝物結(jié)構(gòu)闡述等，己在大型制藥企業(yè)中取代HPLC而占據(jù)了主要地位，其測試的樣品量占總量的70%以上。

天然產(chǎn)物天然藥物的研究

目前中藥開發(fā)研究有兩條途徑。一條途徑是從單一植物中提取一種有效成分(單體化合物)或提取物開發(fā)成新藥。另-途徑則是中藥復方制劑的開發(fā)研究。采用現(xiàn)代多種儀器聯(lián)用新技術(shù)，特別是高效液相色譜/質(zhì)譜/質(zhì)譜聯(lián)用(HPLC-MS/MS)，可對其十幾種乃至幾十種化學成分進行指紋圖譜分離鑒定。再從指紋圖譜中選擇四、五種指標成分(有效成分或特征成分)進行定量，可以確定出簡化的指紋圖譜和指標成分，又是更合理的中藥復方質(zhì)量控制的方法，是研究中藥復雜體系，尤其是復方的有力工具。國內(nèi)外很多學者已進行了復方丹參、清開靈、瀉心湯、人參或黨參制劑等中藥中的主要成分的分析。

臨床診斷和疾病生物標志物的分析

歐美等目前已廣泛采用HPLC/MS/MS法用于臨床診斷以及疾病生物標志物的研究、檢測，具有專一性好、靈敏度高、成本低、分析快速，經(jīng)濟效益可觀等特點。目前可進行新生兒遺傳疾病篩選(PKU、MCAD等四十種左右)、新生兒性激素變異的檢測、男女激素的監(jiān)測、老年癡呆癥的早期診斷、抗排異藥物的檢測、磷酸脂的檢測、血紅蛋白變異檢測、糖化血紅蛋白( 糖尿病早期檢測)、某些心臟病、癌癥疾病篩查如乳腺癌等等(Biomarker法、通過鑒定DNA損傷程度測定)、藥物劑量監(jiān)測、藥物相互作用監(jiān)測、地區(qū)性突發(fā)性中毒病人的毒物檢測等。

殘留、法醫(yī)學和環(huán)境樣品測定

我國入世后，食品工業(yè)的問題就是"安全壁壘"，這將給我國的進出口和國內(nèi)企業(yè)帶來很大的威脅。美國食品與藥品管理局(FDA)、歐盟、日本、韓國等主要貿(mào)易

國和地區(qū)公布了在進口動物源性食品中禁止使用的藥物名單，提高了標準。這就要求我國加強農(nóng)、畜、水產(chǎn)品中的農(nóng)藥、獸藥等殘留的控制和檢測。同樣隨著人類對生存環(huán)境的倍加關(guān)注，要求對環(huán)境中各種污染物、有害或有毒物以及法庭科學中毒物、濫用藥物等進行更加嚴格的監(jiān)控。而配以ESI、APCI和APPI離子化技術(shù)的LC/MS/MS以分析速度快、靈敏度高、特異性好等特點廣泛應(yīng)用與殘留和毒物分析。目前已成功地進行數(shù)百種農(nóng)藥、獸藥、抗生素、興*劑類殘留和毒物、毒素如氯霉素、磺胺類、硝基呋喃類、*品、多環(huán)芳烴等等化合物的檢測。